A história desenrola-se à volta das habilidades especiais que ocorrem numa pequena percentagem de meninos e meninas na puberdade. Yuu Otosaka usa o seu poder sem os outros saberem e vive uma vida escolar bastante normal. Ele conhece uma menina, Nao Tomori. Devido a este encontro com ela, o destino daqueles que têm habilidades especiais vai ser exposto.